Σημαντικές οικονομικές πιέσεις ασκεί ήδη στην ελληνική ακτοπλοΐα η εφαρμογή του ευρωπαϊκού Συστήματος Εμπορίας Δικαιωμάτων Εκπομπών (EU ETS), με το πρόσθετο κόστος να μετακυλίεται σταδιακά στα ναύλα και στις τιμές των εισιτηρίων. Οι επιβαρύνσεις είναι εντονότερες σε γραμμές υψηλής ζήτησης, όπως Πειραιάς–Κρήτη και οι συνδέσεις της Αδριατικής, προκαλώντας ανησυχία τόσο στις ακτοπλοϊκές εταιρείες όσο και στις νησιωτικές κοινωνίες που εξαρτώνται άμεσα από τις θαλάσσιες μεταφορές.
Το ζήτημα λαμβάνει πλέον ευρωπαϊκές διαστάσεις, καθώς η Interferry, ο διεθνής θεσμικός φορέας που εκπροσωπεί την ακτοπλοϊκή βιομηχανία, παρεμβαίνει προς τα αρμόδια όργανα της Ευρωπαϊκή Ένωση. Με επιστολή της, ζητά την άμεση αναστολή της περαιτέρω επέκτασης του EU ETS στην ακτοπλοΐα, κάνοντας λόγο για υπέρμετρες ρυθμιστικές επιβαρύνσεις και σοβαρή στρέβλωση του ανταγωνισμού.
Σύμφωνα με τα στοιχεία που επικαλείται η Interferry, το EU ETS επιβαρύνει τις ενδοενωσιακές ακτοπλοϊκές μεταφορές με κόστος που προσεγγίζει το 1 δισ. ευρώ ετησίως. Όπως επισημαίνεται, το βάρος αυτό περιορίζει σημαντικά τη δυνατότητα των εταιρειών να επενδύσουν σε καθαρότερες και πιο αποδοτικές τεχνολογίες.
Για χώρες με έντονη νησιωτικότητα, όπως η Ελλάδα, οι επιπτώσεις είναι πολλαπλασιαστικές, καθώς το αυξημένο κόστος μετακυλίεται άμεσα στο μεταφορικό κόστος επιβατών και εμπορευμάτων. Παράγοντες της αγοράς προειδοποιούν ότι, εάν δεν υπάρξουν διορθωτικές παρεμβάσεις, οι αυξήσεις στα εισιτήρια ενδέχεται να ενταθούν, επηρεάζοντας την προσβασιμότητα των νησιών και την ανταγωνιστικότητα του τουρισμού.
